公募基金总部在上海的公司主要包括以下几家：

1. 上海基金公司：

上海基金管理有限公司是上海目前最有影响力的公募基金公司之一。作为国内领先的基金管理公司，上海基金管理有限公司提供了多种投资产品和服务，包括股票型、债券型、指数型、货币型等不同类型的公募基金产品。

2. 华安基金：

华安基金管理有限公司是国内领先的公募基金管理公司之一，总部位于上海。该公司成立于1998年，现已发展成为拥有庞大资产管理规模和广泛投资者基础的基金公司之一。

3. 富国基金：

富国基金管理有限公司是一家总部位于上海的公募基金管理公司，成立于2003年。富国基金以专业的投资管理能力和丰富的金融产品线为客户提供全方位的财富管理服务。

4. 嘉实基金：

嘉实基金管理有限公司是成立较早的公募基金公司之一，总部位于上海。嘉实基金拥有多年的基金管理经验和行业声誉，在市场上推出了众多深受投资者喜爱的基金产品。

5. 广发基金：

广发基金管理有限公司是一家总部位于上海的公募基金公司，成立于2003年。广发基金致力于为广大投资者提供全方位的基金产品和资产管理服务，凭借专业的投资团队和优质的基金产品在市场上享有较高的声誉。

6. 兴业基金：

兴业基金管理有限公司是一家总部位于上海的公募基金公司，成立于1998年。兴业基金以优良的投资管理能力和创新的投资理念赢得了投资者的信赖，在市场上推出了多种受到市场认可的基金产品。

7. ***银河基金：

***银河基金管理有限公司是总部位于上海的一家公募基金公司，成立于2006年。该公司专注于为投资者提供优质的基金产品和个性化的资产配置服务，秉承着稳健、透明的投资理念。

8. 融通基金：

融通基金管理有限公司是一家总部位于上海的公募基金公司，成立于1998年。融通基金致力于为投资者提供多样化的基金产品和专业的资产管理服务，以满足不同投资需求。

9. 中信保诚基金：

中信保诚基金管理有限公司是一家总部位于上海的公募基金公司，成立于2001年。中信保诚基金以专业化的投资管理能力和稳健的风控体系为客户提供资产增值的解决方案。

除了上述公司外，上海还有其他一些公募基金公司，如长信基金、国联安基金、海富通基金、华安基金、华宝兴业基金等。这些公司在公募基金行业中具有一定的影响力和市场份额。