北京同仁堂和南京同仁堂是***两家知名的中药企业，虽然拥有相同的品牌名称，但在历史、规模、股东和商标等方面存在着一些区别。

1. 企业历史：

北京同仁堂创立于1669年，是***古老的中药企业之一。它起初是由乐显扬在北京创办的同仁堂药室，后来由清朝皇帝钦定供奉清宫御药房使用。经过八代皇帝的扶持，北京同仁堂经营至今已有将近350年的历史。

南京同仁堂前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业。与北京同仁堂相比，南京同仁堂的历史虽然较短，但也拥有将近100年的发展历程。

2. 企业规模：

北京同仁堂是一家国有大型企业，由北京市国资委100%控股，全称为***北京同仁堂集团有限公司。它在国内乃至国际上都有较大的影响力，拥有多家大型医药公司和药房连锁企业。

南京同仁堂是两家民营企业控股的公司，是南京市的两家企业。虽然规模相对较小，但也在当地乃至全国范围内具有一定的知名度和影响力。

3. 股东和性质：

北京同仁堂的股东为北京市国资委，为国有企业。作为北京市的标志性企业之一，它在发展过程中受到***的大力支持和关注。

南京同仁堂的股东为两家民营企业，相比于北京同仁堂，它的所有权结构更加灵活。南京同仁堂管理者和决策者在成立科技公司时强调了南京同仁堂事业发展的有机组成部分。

4. 商标区别：

虽然两家企业都使用“同仁堂”作为品牌名称，但商标方面存在一些差异。南京同仁堂并没有注册“南京同仁堂”这个商标，只使用“南京同仁堂”作为商号。

相比之下，北京同仁堂注册并拥有“北京同仁堂”商标，这也是该企业的正式名称。在商标注册和使用方面存在明显的区别。

北京同仁堂和南京同仁堂在企业历史、规模、股东和商标等方面存在一些区别。两家企业都是中药行业的重要代表，以自身的优质药品和服务为人们的健康保驾护航。