北京同仁堂和南京同仁堂都是正规的中药企业，拥有自己的专业生产线、科研团队、生产标准和严格的质量控制体系。不能简单地说哪个同仁堂更正宗，而应该从消费者的需求和地域背景出发，选择适合自己的产品。

1. 公司历史

北京同仁堂创建于1669年（清朝康熙八年），前后为雍正、乾隆、嘉庆、道光、咸丰、同治、光绪、宣统9个朝代，至今已有350多年的历史。而南京同仁堂前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业，1955年更名为公私合营南京同仁堂。从历史上看，北京同仁堂的历史更为悠久。

2. 企业股东和性质

北京同仁堂是由北京市国资委100%控股，全称是***北京同仁堂集团有限公司。南京同仁堂是有两家民营企业控股，是南京市的两家企业。从股东和性质上看，北京同仁堂是由***控股的国企，而南京同仁堂是由民营资本控股的企业。

3. 产品种类与特点

北京同仁堂和南京同仁堂在产品种类和特点上有一定的差异。

4. 历史地位和影响力

北京同仁堂作为中华民族最早、最大的中药企业之一，具有很高的历史地位和影响力。其品牌形象深入人心，被广大消费者所认可和信赖。而南京同仁堂作为北京同仁堂的分号，历史地位和影响力相对较低。

5. 市场认可度

由于北京同仁堂的历史悠久、品牌知名度高，其产品在市场上拥有广泛的认可度。而南京同仁堂相对较新，市场认可度没有北京同仁堂高。

6. 地域背景和消费者需求

选择北京同仁堂还是南京同仁堂，应该根据消费者的地域背景和需求来进行选择。如果是在北京地区居住或旅游，且对于传统中药有较高的需求，可以选择北京同仁堂。如果需要特定的医疗技术产品或者眼部保健产品，可以选择南京同仁堂。

无法判断北京同仁堂和南京同仁堂哪个更好，选择适合自己的产品才是最重要的。