税务查出不能抵扣的进项税额,但是已经补税,账务怎么处理?
并对该余额进行处理：若余额在借方，全部视同留抵进项税额，按借方余额数，借记“应交税金-应交增值税（进项税额）”科目，贷记本科目。
税务检查补税的时候，账务处理是，借：原材料等科目，贷：应交税费—应交增值税（进项税额转出）。借：应交税费—应交增值税（进项税额转出），贷：应交税费—未交增值税。借：应交税费—未交增值税，贷：银行存款。
以上两种行为在补缴增值税的同时，均应补缴城建税、教育费附加。
第一类——纳税人身份不具有抵扣的资格 有下列情形之一的，应当按照销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票： 一般纳税人会计核算不健全，或者不能准确提供税务资料。
法律分析：取得不得抵扣的增值税专用发票，价税合计全部计入相关的成本或费用。通常情况下，只要取得增值税专用发票，先认证抵扣，然后作进项税额转出处理。
(即结出“应交税金——应交增值税”账户的期末余额)，若应纳税额为正数(即余额在贷方)应当作补税处理，若应纳税额为负数(余额在借方)，应当核减期末留抵税额。
不得抵扣进项税额转出怎么处理
资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣)。
已抵扣进项税额后改变用途、发生非正常损失、出口不得免征和抵扣税额时，应作进项税额转出处理。进项税额转出有常见的三种转出方法，即直接计算转出法、还原计算转出法和比例计算转出法。第直接计算进项税额转出的方法。
进项税额转出分两种情况：一是税务检查进项发票不合格，要将原先抵扣的进项税转出进成本。
企业取得不能抵扣的专用发票，先认证，后抵扣，再转出。按照进项税额转出的流程进行处理。
如果之前是认证的已经入账了的话，借：应付职工薪酬-福利费、管理费用-招待费等原来的成本费用科目或是库存商品、固定资产等资产科目；贷：应交税费-应交增值税（进项税额转出）。
对于不能抵扣的进项税要做进项税转出处理，你已经申报了不得抵扣的进项税发票可以采取以下两种方法：更正增值税申报表，补缴纳增值税及附加税费同时有滞纳金。在下一期增值税申报时对不得抵扣的进项税做转出处理。
不得抵扣进项税额的账务处理。
1、不能抵扣进项税，只能当普通发票使用，价税合计进入成本。
2、第一类——纳税人身份不具有抵扣的资格 有下列情形之一的，应当按照销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票： 一般纳税人会计核算不健全，或者不能准确提供税务资料。
3、对于不得从销项税额中抵扣的进项税额的情况，实务中应该分类进行处理：购入时进项税额直接计人购货的成本。
不能抵扣的增值税进项税额怎么处理
1、资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣)。
2、不得抵扣的进项税额包括 购进的货物、劳务、服务、无形资产和不动产用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的。非正常损失的购进货物，以及相关的加工、修理、修配劳务和交通运输服务。
3、企业取得不能抵扣的专用发票，先认证，后抵扣，再转出。按照进项税额转出的流程进行处理。