农产品抵扣政策
（一）农业生产者销售的自产农产品免征增值税。
注意：纳税人采取“公司+农户”经营模式从事畜禽饲养，即公司与农户签订委托养殖合同，向农户提供畜禽苗、饲料、兽药及疫苗等(所有权属于公司)，农户饲养畜禽苗至成品后交付公司回收，公司将回收的成品畜禽用于销售。在上述经营模式下，纳税人回收再销售畜禽，属于农业生产者销售自产农产品，应根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的有关规定免征增值税。
（二）对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。
注意：从事农产品批发、零售的纳税人既销售上述部分鲜活肉蛋产品又销售其他增值税应税货物的，应分别核算上述鲜活肉蛋产品和其他增值税应税货物的销售额；未分别核算的，不得享受部分鲜活肉蛋产品增值税免税政策。
（三）对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。
注意：纳税人既销售蔬菜又销售其他增值税应税货物的，应分别核算蔬菜和其他增值税应税货物的销售额；未分别核算的，不得享受蔬菜增值税免税政策。
法律依据:
《中华人民共和国税收征收管理法》
第二十八条 税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
第二十九条 除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
第三十条 扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。
农产品抵扣进项税额的规定
一、从一般纳税人处取得专用发票。
购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的进项税额抵扣，不需要计算应抵扣的进项税。
例如：某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批，对方开了增值税专用发票，金额10万元，税额0.9万元，此时，该公司直接按正常取得专票认证抵扣，可抵扣进项税为0.9万元。当然，如果用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，还能加计抵扣1%。
二、从小规模纳税人处取得专用发票。
根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的，按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定，疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣？各地的答疑口径是不同的，纳税人执行的很混乱。
国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10.3-0.9=9.4万元。
购进免税农产品可以抵扣进项税吗
免税农产品可以抵扣进项税。
免税的农产品可抵扣进项税的方法如下：
1、从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣；
2、进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣；
3、从按照简易计税方法依照百分之三征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和百分之十一的扣除率计算进项税额；
4、取得农产品销售发票的，以农产品销售发票上注明的农产品买价和百分之十一的扣除率计算进项税额；
5、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和百分之十一的扣除率计算进项税额；
6、农产品进项税额核定扣除，按照产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法规定，纳税人购进农产品，不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额，而是根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照一定扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额；
7、加计扣除，营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工百分之十七税率货物的农产品维持原扣除力度不变。
凭票扣除农产品进项税额时，扣税种类有增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品销售发票和农产品收购发票，需要注意的是农产品销售发票和收购发票作为扣税凭证，仅限于纳税人从农业生产者购入的自产免税农产品，自开的农产品收购发票或农业生产者开具的销售发票，其它情况下，一律以增值税专用发票作为扣税凭证。
【法律法规】
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第五条 纳税人发生应税销售行为，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：
销项税额等于销售额乘以税率
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农产品的抵扣政策
纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
法律依据：
《关于简并增值税税率有关政策的通知》二、纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：（一）除本条第（二）项规定外，纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。